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干细胞分类被称为“**细胞”的干细胞，按其所处的发育阶段，可分为胚胎干细胞和成体干细胞。根据干细胞的发育潜能可分为全能干细胞、多能干细胞和单能干细胞。按成体干细胞的功能，可将其分为神经干细胞、造血干细胞、骨髓间质干细胞、皮肤干细胞、脂肪干细胞等。通常，干细胞来源为胚胎、骨髓、周边血、脐带和脐带血。对于造血干细胞来说，从移植方式来看，又可分为自体干细胞移植和异体干细胞移植；自体干细胞移植由于没有排异现象而被普遍使用。不过，除造血干细胞以外，间充质干细胞在异体移植时也不会出现排异现象。这是因为间充质干细胞很少表达MHCII分子及共刺激因子，少量表达MHCI分子，这导致无法激活T淋巴细胞，也就躲过了免疫系统的袭击。